64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1959 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
461 aa  928    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  32.54 
 
 
452 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  30.82 
 
 
478 aa  143  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  33.13 
 
 
469 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  32.02 
 
 
467 aa  121  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  30.29 
 
 
453 aa  117  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  34.63 
 
 
468 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  29.26 
 
 
413 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.54 
 
 
441 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  29.82 
 
 
447 aa  101  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  27.3 
 
 
526 aa  97.1  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  29.18 
 
 
449 aa  96.3  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1947  XRE family transcriptional regulator  52.33 
 
 
507 aa  94.7  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.505699  normal  0.0597402 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.42 
 
 
515 aa  92.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.95 
 
 
432 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 
449 aa  89.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  27.65 
 
 
524 aa  86.3  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.16 
 
 
477 aa  81.3  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  27.86 
 
 
579 aa  81.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  29 
 
 
433 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  27.86 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
463 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  46.67 
 
 
274 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  25.48 
 
 
530 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  47.67 
 
 
410 aa  74.3  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  28.47 
 
 
397 aa  73.6  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.9 
 
 
412 aa  72.8  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  25.52 
 
 
510 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.89 
 
 
460 aa  67.8  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  22.86 
 
 
460 aa  67  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 
429 aa  67.4  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  26.09 
 
 
457 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
277 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  26.95 
 
 
437 aa  64.3  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  28.16 
 
 
487 aa  64.3  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 
267 aa  59.7  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  24.32 
 
 
444 aa  59.3  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  26.19 
 
 
431 aa  57  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  26.48 
 
 
460 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  29.41 
 
 
502 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  34.48 
 
 
221 aa  52.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  25.75 
 
 
418 aa  53.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  26.96 
 
 
457 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  24.79 
 
 
420 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.48 
 
 
418 aa  51.2  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  30.5 
 
 
249 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.34 
 
 
267 aa  50.8  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 
270 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  26.91 
 
 
497 aa  48.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4505  helix-turn-helix domain-containing protein  43.1 
 
 
262 aa  47  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.832195  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  28.57 
 
 
202 aa  46.6  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 
474 aa  46.6  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  30.53 
 
 
452 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  27.85 
 
 
461 aa  45.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0980  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 
445 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6457  putative transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 
175 aa  45.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0109923 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  21.07 
 
 
456 aa  44.7  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0309  hypothetical protein  28.77 
 
 
315 aa  44.7  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2843  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
401 aa  43.9  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.397563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 
268 aa  43.9  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27 
 
 
444 aa  43.5  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 
412 aa  43.5  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  28.36 
 
 
288 aa  43.5  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2688  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
270 aa  43.5  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>