61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1224 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1224  regulator  100 
 
 
453 aa  917    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  43.64 
 
 
468 aa  309  5e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  39.78 
 
 
452 aa  253  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  39.04 
 
 
469 aa  241  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  35.92 
 
 
447 aa  227  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  37.43 
 
 
478 aa  213  7.999999999999999e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  38.63 
 
 
467 aa  187  3e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  32.88 
 
 
487 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  44.84 
 
 
413 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  31.09 
 
 
457 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  31.75 
 
 
579 aa  138  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
463 aa  134  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 
441 aa  134  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  32.54 
 
 
433 aa  133  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  30.23 
 
 
510 aa  131  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 
461 aa  116  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  28.53 
 
 
526 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  34.67 
 
 
524 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  32.6 
 
 
530 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  31.97 
 
 
449 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  32.3 
 
 
444 aa  103  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.09 
 
 
432 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 
397 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  29.48 
 
 
460 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  29.17 
 
 
460 aa  97.1  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  35 
 
 
449 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  26.64 
 
 
412 aa  91.3  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  28.34 
 
 
398 aa  90.9  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  29.24 
 
 
477 aa  87.8  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  27.56 
 
 
456 aa  87.8  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  29.93 
 
 
474 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.85 
 
 
460 aa  80.1  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 
429 aa  77.4  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  34.88 
 
 
249 aa  75.9  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.15 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.48 
 
 
420 aa  75.1  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  27.95 
 
 
437 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 
401 aa  68.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  27.02 
 
 
441 aa  67.8  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 
443 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.06 
 
 
497 aa  67.4  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  29.18 
 
 
443 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  25.51 
 
 
488 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  30.49 
 
 
331 aa  60.1  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  29.51 
 
 
311 aa  57.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  32.82 
 
 
418 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  29.2 
 
 
443 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  29.55 
 
 
443 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  23.53 
 
 
414 aa  53.1  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  29.46 
 
 
221 aa  52.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  37.23 
 
 
202 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  25.62 
 
 
565 aa  50.8  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 
507 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  27.47 
 
 
363 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  25.46 
 
 
502 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1336  hypothetical protein  26.76 
 
 
556 aa  47.8  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0410246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  30.51 
 
 
360 aa  47  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  28.09 
 
 
554 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3947  hypothetical protein  33.33 
 
 
146 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.62 
 
 
444 aa  44.3  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1605  hypothetical protein  40.43 
 
 
116 aa  43.5  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>