61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1107 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  100 
 
 
468 aa  937    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  43.64 
 
 
453 aa  301  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  35.06 
 
 
447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  36.01 
 
 
452 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  36.32 
 
 
469 aa  204  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  33.33 
 
 
413 aa  172  9e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  37.16 
 
 
478 aa  159  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  34.55 
 
 
467 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  29.38 
 
 
487 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  30.77 
 
 
457 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  33.96 
 
 
433 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  36.3 
 
 
579 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  31.69 
 
 
524 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 
463 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  31.24 
 
 
510 aa  124  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 
449 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.71 
 
 
441 aa  107  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 
461 aa  107  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  28.84 
 
 
449 aa  106  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  31.19 
 
 
460 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  32.31 
 
 
526 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 
530 aa  96.7  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  31.51 
 
 
398 aa  93.2  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.77 
 
 
432 aa  92.4  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  31.08 
 
 
477 aa  91.7  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 
429 aa  90.5  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  32.26 
 
 
444 aa  90.9  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.99 
 
 
460 aa  88.6  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 
397 aa  86.3  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.43 
 
 
515 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  31.71 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.36 
 
 
460 aa  79.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  29.31 
 
 
437 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  32.37 
 
 
474 aa  77  0.0000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.95 
 
 
497 aa  72.4  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.21 
 
 
401 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3947  hypothetical protein  42.31 
 
 
146 aa  67.8  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  24.31 
 
 
456 aa  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  35.88 
 
 
418 aa  63.5  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  32.16 
 
 
311 aa  62  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  26.89 
 
 
412 aa  59.3  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  31.74 
 
 
363 aa  58.9  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  27.35 
 
 
475 aa  58.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 
443 aa  58.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 
441 aa  57  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  27.14 
 
 
331 aa  56.2  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  29.36 
 
 
443 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  25.93 
 
 
431 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 
420 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  26.8 
 
 
414 aa  53.9  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.22 
 
 
418 aa  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
507 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  27.92 
 
 
488 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7352  hypothetical protein  26.25 
 
 
518 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  30.15 
 
 
502 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  26.32 
 
 
434 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  26.76 
 
 
388 aa  47.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  30.52 
 
 
288 aa  47.4  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  25.81 
 
 
449 aa  45.1  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  26.22 
 
 
565 aa  44.3  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  26.64 
 
 
503 aa  43.9  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>