67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2889 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  100 
 
 
477 aa  956    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  56.51 
 
 
432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  31.05 
 
 
524 aa  196  8.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  32.26 
 
 
503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2887  hypothetical protein  40 
 
 
249 aa  163  6e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00393929  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  30.99 
 
 
503 aa  154  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  27.79 
 
 
530 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  28.41 
 
 
433 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  30.57 
 
 
526 aa  128  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  32.08 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  32.91 
 
 
449 aa  104  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 
449 aa  103  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  30.99 
 
 
579 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 
441 aa  99  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  27.53 
 
 
452 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
397 aa  95.9  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  27.4 
 
 
413 aa  93.6  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  32.34 
 
 
460 aa  93.2  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.21 
 
 
447 aa  92.4  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  31.08 
 
 
468 aa  92  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 
461 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 
463 aa  83.2  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27.12 
 
 
444 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  29.69 
 
 
510 aa  82  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
412 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25.34 
 
 
456 aa  81.3  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2541  hypothetical protein  48.65 
 
 
94 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 
429 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  27.63 
 
 
487 aa  78.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  27.73 
 
 
434 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.67 
 
 
418 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.3 
 
 
453 aa  77  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  27.62 
 
 
467 aa  73.9  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  25.22 
 
 
460 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 
401 aa  71.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  29.17 
 
 
331 aa  70.1  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 
488 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  30.24 
 
 
249 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  26.07 
 
 
469 aa  67.4  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
420 aa  63.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
507 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.77 
 
 
515 aa  63.2  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  32.72 
 
 
311 aa  63.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  29.91 
 
 
475 aa  62  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  27.36 
 
 
457 aa  62  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  25.16 
 
 
437 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  28.36 
 
 
418 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  25.59 
 
 
398 aa  60.5  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  24.46 
 
 
502 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
410 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  27.6 
 
 
414 aa  58.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  26.03 
 
 
363 aa  55.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  26.41 
 
 
497 aa  55.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  27.51 
 
 
431 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  26.84 
 
 
403 aa  53.9  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  25.21 
 
 
449 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  27.3 
 
 
400 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  26.9 
 
 
452 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7352  hypothetical protein  30.73 
 
 
518 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  25.54 
 
 
537 aa  50.8  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.24 
 
 
444 aa  50.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  28.69 
 
 
545 aa  50.1  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  28.28 
 
 
461 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  31.41 
 
 
202 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 
474 aa  48.5  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  25.2 
 
 
554 aa  48.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  26.25 
 
 
460 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>