58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4484 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  100 
 
 
447 aa  905    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  51.45 
 
 
452 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  46.61 
 
 
478 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  42.8 
 
 
467 aa  270  5e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  36.09 
 
 
469 aa  232  8.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  36.01 
 
 
453 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  35.1 
 
 
468 aa  216  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  41.18 
 
 
433 aa  193  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  38.99 
 
 
413 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  34.36 
 
 
457 aa  169  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  31.13 
 
 
487 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  37.32 
 
 
510 aa  156  8e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  32.71 
 
 
449 aa  142  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.04 
 
 
441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  32.46 
 
 
463 aa  133  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  30.75 
 
 
449 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  35.41 
 
 
460 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  30.11 
 
 
524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  29.5 
 
 
579 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  28.74 
 
 
460 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  29.73 
 
 
456 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.97 
 
 
432 aa  99.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  29.44 
 
 
477 aa  94.4  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  28.44 
 
 
461 aa  92  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  29.04 
 
 
397 aa  88.2  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  27.74 
 
 
460 aa  87.4  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  28.51 
 
 
526 aa  87  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.03 
 
 
401 aa  86.3  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  31.05 
 
 
530 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  25.92 
 
 
412 aa  84.3  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
474 aa  83.2  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.75 
 
 
497 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  48.72 
 
 
221 aa  82.4  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  27.93 
 
 
437 aa  79  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.34 
 
 
398 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.69 
 
 
249 aa  79.7  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.25 
 
 
515 aa  69.7  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 
420 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  33.68 
 
 
202 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  25.5 
 
 
444 aa  60.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  26.12 
 
 
537 aa  60.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  29.39 
 
 
311 aa  60.5  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  26.03 
 
 
488 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3947  hypothetical protein  35.9 
 
 
146 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 
429 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 
441 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  27.55 
 
 
502 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
443 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
443 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  27.05 
 
 
434 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3050  hypothetical protein  27.57 
 
 
437 aa  47  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.8 
 
 
444 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  26.8 
 
 
554 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  34.46 
 
 
346 aa  45.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  26.67 
 
 
443 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1605  hypothetical protein  52.5 
 
 
116 aa  44.7  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1067  hypothetical protein  28.24 
 
 
473 aa  43.1  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.119168  hitchhiker  0.00309173 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  32.89 
 
 
331 aa  43.1  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>