51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1244 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 
515 aa  1030    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  61.99 
 
 
497 aa  441  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  38.08 
 
 
530 aa  236  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  38.32 
 
 
524 aa  205  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  33.95 
 
 
487 aa  151  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  36.5 
 
 
457 aa  150  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  38.43 
 
 
249 aa  127  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  29.14 
 
 
460 aa  113  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.78 
 
 
474 aa  108  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  28.26 
 
 
449 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 
449 aa  97.8  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.57 
 
 
398 aa  94.7  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  27.91 
 
 
456 aa  94.7  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.69 
 
 
461 aa  92.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  26.64 
 
 
478 aa  92.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  31.25 
 
 
452 aa  90.1  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  29.63 
 
 
468 aa  89.7  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 
441 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.68 
 
 
453 aa  76.6  0.0000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  30.2 
 
 
526 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  27.25 
 
 
447 aa  71.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  38.66 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.77 
 
 
477 aa  71.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
412 aa  70.5  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  26.52 
 
 
579 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  45.57 
 
 
410 aa  64.7  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  30.4 
 
 
467 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  24.41 
 
 
432 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3484  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 
439 aa  61.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  28.18 
 
 
437 aa  61.6  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 
429 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.38 
 
 
401 aa  61.2  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  46.84 
 
 
274 aa  60.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.92 
 
 
397 aa  60.1  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  23.14 
 
 
433 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  32.41 
 
 
510 aa  58.5  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1947  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 
507 aa  58.2  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.505699  normal  0.0597402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  26.51 
 
 
469 aa  57.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  26.34 
 
 
413 aa  57.4  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2843  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 
401 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.397563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 
420 aa  54.7  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3630  helix-turn-helix domain protein  38.36 
 
 
429 aa  53.9  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.904143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 
463 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 
770 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0264  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.57 
 
 
146 aa  49.7  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.269806  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 
277 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0225  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 
792 aa  49.3  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312331  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  28.39 
 
 
444 aa  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  28.86 
 
 
414 aa  47  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  25.28 
 
 
2145 aa  45.4  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  40.98 
 
 
484 aa  44.3  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>