52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5210 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
530 aa  1061    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  36.86 
 
 
524 aa  293  7e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.69 
 
 
515 aa  242  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  34.23 
 
 
497 aa  212  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  37.17 
 
 
487 aa  202  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  35.71 
 
 
457 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  43.54 
 
 
249 aa  150  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  29.26 
 
 
478 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.01 
 
 
432 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25.93 
 
 
456 aa  120  7e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  26.67 
 
 
433 aa  109  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2887  hypothetical protein  44.44 
 
 
249 aa  106  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00393929  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  23.43 
 
 
460 aa  103  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  30.19 
 
 
452 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  29.89 
 
 
453 aa  100  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
474 aa  99.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  39.68 
 
 
503 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  26 
 
 
449 aa  99.8  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.34 
 
 
449 aa  99.4  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  32.68 
 
 
468 aa  98.6  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.07 
 
 
398 aa  95.1  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  31.37 
 
 
437 aa  92.8  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.9 
 
 
447 aa  91.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  42.24 
 
 
503 aa  90.9  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  30.6 
 
 
413 aa  90.9  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  38.24 
 
 
346 aa  89  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  39.06 
 
 
477 aa  87.8  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  26.36 
 
 
469 aa  86.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 
441 aa  85.1  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 
412 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  28.12 
 
 
579 aa  80.5  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  28.86 
 
 
397 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  32.35 
 
 
526 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  28.84 
 
 
467 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  25.48 
 
 
461 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  24.9 
 
 
441 aa  70.1  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 
443 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  25.31 
 
 
443 aa  67.4  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 
429 aa  67.4  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 
463 aa  62.4  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.39 
 
 
444 aa  60.5  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  43.27 
 
 
202 aa  60.5  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  26.32 
 
 
510 aa  60.5  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
420 aa  59.7  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  50 
 
 
434 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  25.94 
 
 
401 aa  53.5  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 
392 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2541  hypothetical protein  37.18 
 
 
94 aa  52  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  32.5 
 
 
460 aa  50.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27.67 
 
 
444 aa  49.3  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1067  hypothetical protein  29.87 
 
 
473 aa  45.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.119168  hitchhiker  0.00309173 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  26.72 
 
 
419 aa  44.3  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>