46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1073 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  100 
 
 
579 aa  1149    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  72.19 
 
 
463 aa  622  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  30.07 
 
 
452 aa  133  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  31.29 
 
 
469 aa  133  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  32.42 
 
 
478 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  31.75 
 
 
453 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  36.82 
 
 
468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  30.71 
 
 
447 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  32.09 
 
 
467 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  31.1 
 
 
524 aa  105  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  31.52 
 
 
457 aa  103  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  30.16 
 
 
433 aa  99.8  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  32.79 
 
 
477 aa  98.6  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  35.39 
 
 
510 aa  97.1  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  30.68 
 
 
432 aa  95.9  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  29.1 
 
 
413 aa  94.7  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  29.87 
 
 
526 aa  92.8  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 
441 aa  90.9  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  26.67 
 
 
487 aa  90.5  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.47 
 
 
397 aa  89.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  31.4 
 
 
460 aa  85.5  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 
530 aa  79.7  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  27.59 
 
 
398 aa  73.6  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  27.86 
 
 
461 aa  72  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  31.25 
 
 
249 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 
449 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  33.53 
 
 
449 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  28.62 
 
 
460 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  28.91 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  26.84 
 
 
401 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  29.09 
 
 
429 aa  63.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  32.02 
 
 
311 aa  62.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 
474 aa  61.2  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  29.89 
 
 
444 aa  59.7  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.65 
 
 
515 aa  57.4  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.35 
 
 
418 aa  56.2  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  25.37 
 
 
414 aa  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  29.65 
 
 
437 aa  50.4  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  31.72 
 
 
331 aa  49.7  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  25.29 
 
 
497 aa  48.9  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  33.33 
 
 
418 aa  47  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  26.63 
 
 
452 aa  45.4  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  28.97 
 
 
554 aa  45.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  30 
 
 
202 aa  45.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  25.53 
 
 
431 aa  44.7  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  24.37 
 
 
427 aa  44.7  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>