46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07960 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 444 aa  894    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  35.91 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  36.18 
 
 		 331 aa  131  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  32.26 
 
 		 468 aa  90.9  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  32.3 
 
 		 453 aa  90.9  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  29.74 
 
 		 441 aa  88.2  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 412 aa  83.2  0.000000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  30.34 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  27.43 
 
 		 477 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.76 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 449 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.33 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  26.46 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  31.22 
 
 		 467 aa  70.5  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  27.08 
 
 		 526 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  29.26 
 
 		 478 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  23.87 
 
 		 429 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  25.97 
 
 		 449 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  24.66 
 
 		 524 aa  63.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.17 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  28.91 
 
 		 510 aa  62  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  29.19 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  25.5 
 
 		 447 aa  61.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  29.89 
 
 		 579 aa  59.7  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.67 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 463 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 461 aa  56.2  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4411  hypothetical protein  39 
 
 		 166 aa  54.7  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.959952 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  26.67 
 
 		 460 aa  53.9  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.2 
 
 		 460 aa  50.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4886  hypothetical protein  39.74 
 
 		 250 aa  50.4  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  27.67 
 
 		 530 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 443 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 441 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.39 
 
 		 515 aa  48.5  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 443 aa  47.8  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  25.79 
 
 		 437 aa  47.4  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 277 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.62 
 
 		 420 aa  45.8  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4121  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 184 aa  45.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  29.86 
 
 		 497 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  31.15 
 
 		 249 aa  44.7  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2311  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 424 aa  44.7  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.4937 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.51 
 
 		 418 aa  44.3  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>