65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1022 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
441 aa  885    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  92.78 
 
 
443 aa  801    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  93.68 
 
 
443 aa  809    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  38.34 
 
 
443 aa  261  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  37.47 
 
 
443 aa  249  5e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 
282 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  64.77 
 
 
392 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  32.68 
 
 
565 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  29.43 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  29.84 
 
 
405 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0275  hypothetical protein  31.29 
 
 
348 aa  86.7  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.484738  normal  0.794868 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  24.83 
 
 
460 aa  83.2  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0163  hypothetical protein  30.48 
 
 
505 aa  82  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  26.47 
 
 
478 aa  80.9  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  24.22 
 
 
530 aa  76.6  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4668  hypothetical protein  32.33 
 
 
425 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9241  hypothetical protein  26.17 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4409  hypothetical protein  29.29 
 
 
473 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  40.2 
 
 
403 aa  71.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3931  hypothetical protein  28.25 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00536629  normal  0.131737 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  36.36 
 
 
470 aa  68.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25 
 
 
456 aa  67.8  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  43.02 
 
 
290 aa  67  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0166  hypothetical protein  25.79 
 
 
450 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00671267  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  40.4 
 
 
161 aa  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1336  hypothetical protein  27.01 
 
 
556 aa  65.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0410246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7352  hypothetical protein  26.6 
 
 
518 aa  64.7  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  27.57 
 
 
468 aa  63.2  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  30.27 
 
 
545 aa  62  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7276  hypothetical protein  29.73 
 
 
475 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209812  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.02 
 
 
453 aa  61.6  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.47 
 
 
444 aa  59.7  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  22.65 
 
 
497 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6244  hypothetical protein  30.71 
 
 
418 aa  57.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.699378  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5071  hypothetical protein  28.95 
 
 
403 aa  56.6  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105918  normal  0.0802572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  24.29 
 
 
503 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1749  hypothetical protein  37.5 
 
 
107 aa  56.2  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.558396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3392  twin-arginine translocation pathway signal  26.15 
 
 
479 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2099  tetratricopeptide TPR_4  32.11 
 
 
470 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  24.18 
 
 
524 aa  55.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  40 
 
 
475 aa  54.7  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 
419 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  24.44 
 
 
447 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  23.74 
 
 
388 aa  51.6  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  34.52 
 
 
415 aa  51.2  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4418  tetratricopeptide TPR_4  27.67 
 
 
439 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.54 
 
 
433 aa  50.8  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  24.8 
 
 
427 aa  50.8  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1130  hypothetical protein  34.43 
 
 
443 aa  50.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.823409  normal  0.981294 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4891  hypothetical protein  26.41 
 
 
444 aa  50.1  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3948  hypothetical protein  22.8 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6356  transcriptional regulator, XRE family  26.81 
 
 
406 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  31.78 
 
 
444 aa  48.5  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  31.65 
 
 
457 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0523  XRE family transcriptional regulator  27.05 
 
 
331 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.503349 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  24.34 
 
 
503 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4024  transcriptional regulator, XRE family  32.71 
 
 
483 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0917395  hitchhiker  0.00196902 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0952  hypothetical protein  25.11 
 
 
444 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6107  XRE family transcriptional regulator  29.13 
 
 
389 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0526222 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  32.03 
 
 
469 aa  45.8  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  32.47 
 
 
549 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 
327 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  33.58 
 
 
413 aa  43.9  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1396  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 
133 aa  43.9  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  24.02 
 
 
1060 aa  43.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>