52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1136 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  566  1e-160  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 392 aa  525  1e-148  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8966  hypothetical protein  39.24 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0337189  normal  0.659261 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4856  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0132  hypothetical protein  45.78 
 
 		 180 aa  158  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8697  hypothetical protein  47.46 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8671  hypothetical protein  47.46 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3120  hypothetical protein  41.92 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521151 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4862  hypothetical protein  43.11 
 
 		 243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8677  hypothetical protein  46.82 
 
 		 244 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1522  hypothetical protein  47.57 
 
 		 193 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 443 aa  128  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3032  helix-turn-helix domain-containing protein  41.51 
 
 		 272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 441 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3169  hypothetical protein  39.62 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3181  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346295  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5995  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  54.81 
 
 		 443 aa  122  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5594  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 182 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7030  hypothetical protein  36.36 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.292023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7026  hypothetical protein  34.55 
 
 		 201 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  50.47 
 
 		 403 aa  94  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  57.33 
 
 		 161 aa  89.7  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  43.56 
 
 		 470 aa  85.9  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 460 aa  82.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  42.19 
 
 		 478 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  36.82 
 
 		 475 aa  79.7  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  43.01 
 
 		 405 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  36.73 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  43.01 
 
 		 443 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  41.94 
 
 		 443 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  50 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  42.86 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  43.9 
 
 		 497 aa  69.3  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  40.18 
 
 		 549 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1749  hypothetical protein  36.9 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.558396  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 327 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 415 aa  56.2  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 490 aa  55.8  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 497 aa  53.1  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 419 aa  52.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  34.58 
 
 		 433 aa  52.4  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.73 
 
 		 444 aa  50.1  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30300  hypothetical protein  26.03 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.92988  normal  0.817284 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  32.69 
 
 		 400 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  35.71 
 
 		 503 aa  43.5  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  29.52 
 
 		 530 aa  43.1  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.86 
 
 		 114 aa  42.7  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.96581  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3124  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 76 aa  42.7  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 137 aa  42.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>