63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0858 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  80.08 
 
 		 490 aa  792    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 497 aa  1004    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4024  transcriptional regulator, XRE family  48.46 
 
 		 483 aa  421  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0917395  hitchhiker  0.00196902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5646  putative HTH-type transcriptional regulator  42.44 
 
 		 406 aa  239  5.999999999999999e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3817  hypothetical protein  40.66 
 
 		 344 aa  236  7e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  46.84 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  37.08 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 282 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 110 aa  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3639  hypothetical protein  30.99 
 
 		 515 aa  51.2  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 80 aa  50.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 80 aa  50.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 80 aa  50.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 113 aa  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 392 aa  50.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  52 
 
 		 80 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  52 
 
 		 80 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  52 
 
 		 80 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  40.54 
 
 		 127 aa  48.5  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 113 aa  48.5  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  30.4 
 
 		 139 aa  47.8  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 76 aa  48.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1022  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 75 aa  47.4  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 78 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0364  phage repressor  34.78 
 
 		 117 aa  47  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 187 aa  46.6  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 77 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  31.53 
 
 		 323 aa  46.6  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 186 aa  45.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0775  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 622 aa  45.8  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000679131  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  25.27 
 
 		 223 aa  45.8  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 		 141 aa  45.8  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 81 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 85 aa  45.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 104 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 513 aa  45.1  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  45.16 
 
 		 517 aa  44.7  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  42.42 
 
 		 508 aa  44.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 82 aa  44.7  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 85 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 100 aa  44.3  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 163 aa  44.3  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  30.16 
 
 		 223 aa  44.3  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 114 aa  44.3  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0013  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 135 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1462  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 114 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 124 aa  43.9  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 264 aa  43.9  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 503 aa  43.9  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 104 aa  43.9  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 173 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 264 aa  43.9  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  32.35 
 
 		 411 aa  43.9  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 83 aa  43.5  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1009  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 170 aa  43.9  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000623644  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  29.89 
 
 		 195 aa  43.5  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 110 aa  43.5  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 85 aa  43.5  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 203 aa  43.5  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 101 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  38.71 
 
 		 400 aa  43.5  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 128 aa  43.1  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>