More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0885 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  443  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  95.41 
 
 		 218 aa  424  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 210 aa  185  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  35.81 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0881  hypothetical protein  43.28 
 
 		 124 aa  99  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.926079  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 106 aa  94.7  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  28.09 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.61 
 
 		 105 aa  77.4  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  36 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 77 aa  60.5  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  38.71 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  40 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.86 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 134 aa  58.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  37.14 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  40.32 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.82 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 		 488 aa  55.8  0.0000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  38.71 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  26.55 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 180 aa  54.3  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 106 aa  54.3  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  34.92 
 
 		 182 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 118 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 182 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  34.92 
 
 		 182 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 84 aa  53.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  37.1 
 
 		 188 aa  53.1  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  36.07 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 105 aa  53.5  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>