More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3886 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  430  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  90.5 
 
 		 276 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  86.19 
 
 		 210 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  52.15 
 
 		 201 aa  207  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  49.15 
 
 		 207 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  48.88 
 
 		 215 aa  192  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  48.59 
 
 		 207 aa  190  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  48.02 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  48.59 
 
 		 207 aa  187  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  47.8 
 
 		 208 aa  184  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 209 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 208 aa  175  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  43.5 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  46.33 
 
 		 209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 210 aa  171  6.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  41.9 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 209 aa  159  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  47.33 
 
 		 150 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 259 aa  148  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  39.89 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  40.1 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 252 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  38.22 
 
 		 211 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 215 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  37.22 
 
 		 220 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  35.98 
 
 		 262 aa  99  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 251 aa  96.3  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 201 aa  92  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  88.6  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 197 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 197 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  31.89 
 
 		 205 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 197 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 197 aa  85.5  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.63 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  34.81 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.61 
 
 		 189 aa  74.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  32.63 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 180 aa  72  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  29.35 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.25 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  27.93 
 
 		 183 aa  68.6  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.41 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  24.73 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  31.35 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  26.78 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  29.14 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>