More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4870 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  47.51 
 
 		 204 aa  180  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  39.78 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  39.78 
 
 		 207 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  40.88 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  39.67 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  41.44 
 
 		 215 aa  142  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  38.92 
 
 		 198 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  39.89 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  39.78 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 201 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  36.31 
 
 		 222 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 150 aa  108  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 252 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 259 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 		 199 aa  89  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.63 
 
 		 196 aa  89.4  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 215 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 		 199 aa  89  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 220 aa  88.2  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  27.96 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.15 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 251 aa  81.6  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.65 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 262 aa  74.7  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.04 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 187 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  72  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 185 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 185 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  26.74 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  26.09 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 292 aa  68.2  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 182 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  30 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  30 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  30 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  30 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  29.71 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  30 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 192 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  29.12 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.11 
 
 		 199 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>