More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4798 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 259 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 206 aa  166  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  40.45 
 
 		 208 aa  144  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  37.64 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  37.64 
 
 		 207 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 210 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  39.5 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  39.8 
 
 		 210 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 215 aa  134  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 207 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  38.98 
 
 		 215 aa  131  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  39.57 
 
 		 208 aa  129  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 208 aa  126  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 150 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  37.84 
 
 		 198 aa  122  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 262 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 251 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 204 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 239 aa  101  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 201 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 197 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 197 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  34.39 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 204 aa  92.8  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 197 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  30.65 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  30.65 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 198 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.41 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  27.98 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  27.18 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  27.18 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.06 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 187 aa  62  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  28.71 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  23.83 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  26.59 
 
 		 180 aa  60.8  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  26.97 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.97 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.78 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.4 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 182 aa  57  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  29.89 
 
 		 503 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.32 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  28.72 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>