More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5444 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
180 aa  366  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  99.44 
 
 
180 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  98.33 
 
 
180 aa  362  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  97.22 
 
 
180 aa  358  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  97.22 
 
 
180 aa  358  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  96.67 
 
 
180 aa  357  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  78.89 
 
 
187 aa  301  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  78.89 
 
 
187 aa  301  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  78.89 
 
 
187 aa  301  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  80 
 
 
224 aa  298  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  78.33 
 
 
187 aa  297  5e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  78.33 
 
 
187 aa  297  5e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  78.33 
 
 
187 aa  297  5e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  78.33 
 
 
187 aa  297  5e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  61.02 
 
 
182 aa  216  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  53.59 
 
 
179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  51.93 
 
 
180 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  51.93 
 
 
180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  53.11 
 
 
179 aa  178  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  50.83 
 
 
180 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  46.63 
 
 
180 aa  156  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  45.14 
 
 
212 aa  145  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 
197 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 
199 aa  102  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 
199 aa  102  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.4 
 
 
187 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.2 
 
 
196 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
198 aa  99  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
187 aa  99  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 
187 aa  96.3  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.83 
 
 
196 aa  95.5  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
181 aa  95.9  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.5 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  32.2 
 
 
181 aa  95.9  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 
192 aa  95.1  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
188 aa  95.1  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
187 aa  94.7  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
209 aa  94.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.44 
 
 
189 aa  93.6  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
203 aa  94  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
187 aa  92.8  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 
209 aa  92.8  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  33.7 
 
 
201 aa  92  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.44 
 
 
189 aa  90.9  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 
189 aa  89.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  34.22 
 
 
208 aa  89  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
188 aa  88.6  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
204 aa  87.8  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  30.56 
 
 
192 aa  87  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  31.07 
 
 
188 aa  87  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 
208 aa  85.9  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  28 
 
 
188 aa  85.5  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
193 aa  84.7  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
292 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
192 aa  82  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  29.94 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  33.52 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 
205 aa  80.9  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  33.52 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 
251 aa  79.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  28.65 
 
 
201 aa  79  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.55 
 
 
181 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
192 aa  78.2  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
209 aa  77.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  29.35 
 
 
192 aa  77.8  0.00000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.48 
 
 
192 aa  77.8  0.00000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 
210 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
210 aa  77.4  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  27.68 
 
 
186 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  32.79 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 
215 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 
184 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
192 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  30.54 
 
 
180 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  33.71 
 
 
215 aa  75.9  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  30.22 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>