More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1466 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  425  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 259 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  45.13 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 252 aa  142  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 210 aa  141  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 209 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  36.65 
 
 		 208 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 207 aa  137  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 203 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  41.61 
 
 		 150 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  37.84 
 
 		 215 aa  132  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  38.82 
 
 		 207 aa  131  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  38.82 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  35.71 
 
 		 198 aa  125  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 208 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 208 aa  124  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  36.56 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 251 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 204 aa  98.6  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 201 aa  97.8  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 220 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.48 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.07 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.07 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  29.71 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  25.53 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 180 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  27.37 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  25.53 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 187 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  26.8 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  27.06 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  23.53 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  24.26 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  24.26 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  24.26 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 180 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.23 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 180 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  24.71 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  26.9 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>