More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3843 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  100 
 
 		 209 aa  431  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  69.19 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  70.71 
 
 		 198 aa  285  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  64.9 
 
 		 207 aa  277  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  60.58 
 
 		 208 aa  270  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  65.26 
 
 		 215 aa  268  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  61.39 
 
 		 207 aa  268  5e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  60.89 
 
 		 207 aa  266  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 203 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  59.78 
 
 		 210 aa  228  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  53.47 
 
 		 208 aa  224  9e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  55.31 
 
 		 208 aa  208  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  50.28 
 
 		 201 aa  191  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  46.33 
 
 		 210 aa  175  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 209 aa  171  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  37.57 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 259 aa  134  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  43.66 
 
 		 150 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 222 aa  127  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 211 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 252 aa  114  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 215 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  31.22 
 
 		 205 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 197 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 		 262 aa  95.9  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 220 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 251 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 187 aa  89  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 187 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.61 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.95 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  28 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.88 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  27.5 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.25 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  31.87 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.26 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  28.18 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  29.35 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>