More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1128 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  93.96 
 
 		 184 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 182 aa  337  7e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 182 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  88.46 
 
 		 182 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  88.46 
 
 		 182 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  88.46 
 
 		 182 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 208 aa  331  4e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 208 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 208 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 182 aa  330  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  86.26 
 
 		 182 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  84.62 
 
 		 182 aa  327  8e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  86.26 
 
 		 182 aa  323  8.000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  80.22 
 
 		 182 aa  288  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 182 aa  271  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  67.03 
 
 		 182 aa  269  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 182 aa  268  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 182 aa  268  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  64.84 
 
 		 199 aa  267  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  66.48 
 
 		 182 aa  266  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 182 aa  266  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  65.93 
 
 		 182 aa  263  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  64.29 
 
 		 199 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  64.29 
 
 		 199 aa  257  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  59.34 
 
 		 182 aa  241  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  60.99 
 
 		 195 aa  211  7e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 203 aa  207  8e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  55.8 
 
 		 204 aa  204  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  52.2 
 
 		 182 aa  195  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  52.2 
 
 		 182 aa  195  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  51.61 
 
 		 188 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 182 aa  193  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  49.45 
 
 		 180 aa  192  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  50.82 
 
 		 189 aa  188  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 183 aa  187  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 183 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  50.82 
 
 		 182 aa  184  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  184  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  184  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 182 aa  184  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  184  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.82 
 
 		 203 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  50 
 
 		 189 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  181  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  50 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  50 
 
 		 183 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  50 
 
 		 183 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  51.91 
 
 		 182 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  47.8 
 
 		 182 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  47.8 
 
 		 182 aa  178  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 183 aa  176  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  45.6 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 183 aa  174  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.58 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  42.46 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.46 
 
 		 185 aa  145  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  143  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 213 aa  141  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 182 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 192 aa  120  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  114  6e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 199 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  35.52 
 
 		 181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  111  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  111  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  34.97 
 
 		 181 aa  111  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  108  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 175 aa  105  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 197 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 204 aa  100  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.25 
 
 		 189 aa  97.1  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 181 aa  96.3  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  35.39 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 181 aa  94.7  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>