More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0980 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  371  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 181 aa  322  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 181 aa  321  3e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  84.71 
 
 		 170 aa  308  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  84.71 
 
 		 170 aa  308  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  77.9 
 
 		 188 aa  304  5.0000000000000004e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 176 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  48.85 
 
 		 188 aa  194  5.000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 179 aa  188  4e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  51.96 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  50.84 
 
 		 179 aa  182  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  49.72 
 
 		 179 aa  176  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 180 aa  174  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  41.71 
 
 		 175 aa  161  5.0000000000000005e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 178 aa  152  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  41.95 
 
 		 178 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 179 aa  125  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 179 aa  125  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 179 aa  122  3e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 199 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 292 aa  107  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 203 aa  104  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  30.98 
 
 		 199 aa  100  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.43 
 
 		 199 aa  99  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  99  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 182 aa  98.2  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 234 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 181 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 182 aa  95.5  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 182 aa  95.5  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 199 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 432 aa  94.4  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 236 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 236 aa  93.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.43 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 292 aa  93.2  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 193 aa  92.8  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 229 aa  92.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 211 aa  92  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  30.05 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 190 aa  92  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 192 aa  91.7  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 183 aa  91.3  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 192 aa  91.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 208 aa  91.3  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 208 aa  91.3  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 208 aa  91.3  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 182 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 182 aa  90.9  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 182 aa  90.9  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  90.9  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 191 aa  90.9  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 191 aa  90.9  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 182 aa  90.9  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 191 aa  90.9  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  90.1  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 193 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 184 aa  90.5  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>