More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2919 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
170 aa  349  1e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
170 aa  349  1e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  84.71 
 
 
181 aa  308  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  74.71 
 
 
181 aa  274  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  74.12 
 
 
181 aa  271  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  71.18 
 
 
188 aa  271  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  49.69 
 
 
176 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  49.69 
 
 
188 aa  181  6e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  49.4 
 
 
179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  49.7 
 
 
179 aa  177  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  53.05 
 
 
179 aa  173  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  51.83 
 
 
179 aa  170  9e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
180 aa  166  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  48.19 
 
 
179 aa  161  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  41.46 
 
 
175 aa  150  8e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 
178 aa  142  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  46.84 
 
 
178 aa  135  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 
179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 
179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 
199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.32 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  33.13 
 
 
179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.32 
 
 
199 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
292 aa  107  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 
199 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 
199 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  35.09 
 
 
199 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 
180 aa  95.5  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 
199 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
201 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
191 aa  91.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 
182 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
182 aa  90.9  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.12 
 
 
236 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
204 aa  90.1  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
181 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 
234 aa  90.1  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.12 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  31.21 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  30.23 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
199 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
183 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  31.21 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.12 
 
 
236 aa  89.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.81 
 
 
182 aa  89  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.54 
 
 
185 aa  89  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 
203 aa  88.6  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
183 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 
182 aa  88.6  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
193 aa  88.6  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
181 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
181 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
181 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
192 aa  87.8  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
192 aa  87.8  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 
183 aa  87.4  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.18 
 
 
182 aa  87.4  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 
187 aa  87  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  29.94 
 
 
185 aa  87  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 
184 aa  87  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  28.14 
 
 
185 aa  86.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 
211 aa  86.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
193 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  87  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  32.57 
 
 
189 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.76 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
192 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  32.57 
 
 
183 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
192 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
190 aa  85.9  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.76 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
192 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
292 aa  86.3  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  32.57 
 
 
183 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>