More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2909 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  590  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 273 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  39.11 
 
 		 269 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  39.11 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 276 aa  165  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  35.69 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  36.02 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 191 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 191 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 191 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 191 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 178 aa  98.2  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 211 aa  96.3  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  35.84 
 
 		 181 aa  95.9  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 181 aa  93.2  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 191 aa  92.4  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  33.92 
 
 		 188 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  33.92 
 
 		 188 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.58 
 
 		 188 aa  89.7  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.69 
 
 		 236 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 189 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 199 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 		 191 aa  89  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 199 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.52 
 
 		 189 aa  89  9e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 193 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  35.67 
 
 		 188 aa  87.8  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 176 aa  87.8  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  32.02 
 
 		 180 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 187 aa  87.4  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 199 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 188 aa  86.7  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 170 aa  86.3  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 170 aa  86.3  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 236 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 193 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 181 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 201 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 259 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 		 188 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 		 199 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 187 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 187 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 		 187 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 199 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 175 aa  77.4  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  35.4 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  33.53 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 182 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>