More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0248 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  374  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  85.16 
 
 		 182 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  84.62 
 
 		 182 aa  323  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  80.77 
 
 		 182 aa  308  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  78.02 
 
 		 182 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  77.47 
 
 		 182 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  77.47 
 
 		 182 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 199 aa  300  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  79.12 
 
 		 199 aa  297  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  78.02 
 
 		 199 aa  295  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  69.78 
 
 		 182 aa  274  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  69.23 
 
 		 182 aa  272  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  68.68 
 
 		 182 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  68.68 
 
 		 182 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  68.68 
 
 		 182 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  68.68 
 
 		 182 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 208 aa  271  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  71.98 
 
 		 182 aa  271  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 208 aa  271  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 208 aa  271  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 182 aa  267  7e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 184 aa  266  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 182 aa  266  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 182 aa  264  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  68.68 
 
 		 182 aa  260  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 182 aa  249  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  53.59 
 
 		 203 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 204 aa  193  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.01 
 
 		 203 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  52.15 
 
 		 188 aa  192  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  51.91 
 
 		 182 aa  191  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 180 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 195 aa  185  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  51.91 
 
 		 183 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  51.91 
 
 		 189 aa  182  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  48.9 
 
 		 182 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  48.9 
 
 		 182 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 182 aa  180  9.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 182 aa  179  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  50.55 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  51.91 
 
 		 182 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 183 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 190 aa  176  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 183 aa  174  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  48.9 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 183 aa  174  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 183 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 183 aa  174  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  50.55 
 
 		 183 aa  174  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  50.55 
 
 		 183 aa  174  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  50.55 
 
 		 189 aa  174  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  48.35 
 
 		 182 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  50 
 
 		 189 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 183 aa  167  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 183 aa  166  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 183 aa  165  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  134  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.34 
 
 		 185 aa  132  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 175 aa  110  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 292 aa  100  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 199 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 181 aa  94.7  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 197 aa  94.7  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  94.4  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 181 aa  94.4  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 211 aa  92.8  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 178 aa  92.8  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 181 aa  90.9  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 432 aa  90.5  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  30.6 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 176 aa  89  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 181 aa  88.2  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>