More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0901 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
181 aa  374  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  96.69 
 
 
181 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  85.08 
 
 
181 aa  321  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  80.11 
 
 
188 aa  313  9e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  74.71 
 
 
170 aa  274  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  74.71 
 
 
170 aa  274  5e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  50.57 
 
 
176 aa  188  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 
188 aa  186  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  48.6 
 
 
179 aa  180  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  49.72 
 
 
179 aa  175  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  44.13 
 
 
179 aa  174  9e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  48.6 
 
 
179 aa  172  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  47.49 
 
 
179 aa  169  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  43.89 
 
 
180 aa  167  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 
175 aa  158  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  39.43 
 
 
178 aa  144  6e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  40.8 
 
 
178 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  38.29 
 
 
179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  38.29 
 
 
179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  34.86 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 
199 aa  111  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
292 aa  110  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  33.52 
 
 
199 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 
199 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
199 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 
182 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  33.7 
 
 
199 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 
182 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 
234 aa  101  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.24 
 
 
199 aa  101  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.15 
 
 
182 aa  101  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 
182 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  33.15 
 
 
182 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
181 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
181 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
181 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
201 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 
182 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 
180 aa  96.7  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
182 aa  96.3  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.04 
 
 
179 aa  94.4  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
182 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
182 aa  94.4  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 
184 aa  94  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 
182 aa  93.6  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
187 aa  93.2  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
191 aa  92.8  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.49 
 
 
236 aa  92.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.98 
 
 
182 aa  92  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  29.67 
 
 
185 aa  92  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
187 aa  92  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.49 
 
 
236 aa  92  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
204 aa  91.7  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
193 aa  91.3  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  32.8 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  32.22 
 
 
269 aa  91.3  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  32.8 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.8 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
276 aa  90.9  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.73 
 
 
197 aa  90.9  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  33.15 
 
 
187 aa  90.1  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  30.39 
 
 
271 aa  90.5  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
208 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
208 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
208 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  29.94 
 
 
185 aa  90.5  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 
205 aa  89.4  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 
190 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
212 aa  89.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
192 aa  89  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
192 aa  89  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.44 
 
 
201 aa  89.4  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
192 aa  89  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>