More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4678 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  560  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  73.91 
 
 		 269 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  73.91 
 
 		 269 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  54.85 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 292 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  34.26 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 201 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  92  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 		 188 aa  91.3  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 201 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 181 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 187 aa  90.5  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 181 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 		 188 aa  90.5  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 181 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 205 aa  89.7  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 234 aa  89  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.79 
 
 		 188 aa  89  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 187 aa  88.6  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 286 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 188 aa  87.4  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 271 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 179 aa  86.3  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 190 aa  85.9  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 269 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 179 aa  85.9  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 191 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 191 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 281 aa  85.9  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 191 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.32 
 
 		 190 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 201 aa  85.5  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 187 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 189 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 		 170 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 		 170 aa  84  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.86 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.75 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  32.65 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  27.62 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  27.62 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  27.07 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.07 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.07 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  27.07 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  27.07 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 180 aa  74.7  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 187 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 201 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.12 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 187 aa  72  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 192 aa  71.6  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>