More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7693 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  100 
 
 
271 aa  557  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  57.74 
 
 
269 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  54.85 
 
 
276 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  54.85 
 
 
269 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
273 aa  195  7e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
292 aa  172  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
292 aa  163  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  31.34 
 
 
283 aa  107  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
192 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
192 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
193 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 
234 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
193 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 
190 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
190 aa  99.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  37.43 
 
 
205 aa  98.2  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  32.6 
 
 
191 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.28 
 
 
179 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30.81 
 
 
236 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.11 
 
 
236 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
191 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 
199 aa  92  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  30.41 
 
 
201 aa  92  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
179 aa  92  9e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 
179 aa  92  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
191 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 
199 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  30.94 
 
 
181 aa  90.1  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  31.49 
 
 
188 aa  90.1  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
181 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  30.6 
 
 
199 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
191 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
191 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
191 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.77 
 
 
187 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
199 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 
199 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 
187 aa  86.3  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 
201 aa  85.1  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
201 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  32.12 
 
 
188 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  29.14 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
181 aa  82  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
170 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
170 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
182 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.84 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 
229 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 
179 aa  79  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
187 aa  79  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.65 
 
 
180 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.11 
 
 
197 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 
281 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 
182 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
178 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 
192 aa  76.3  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.81 
 
 
188 aa  75.9  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  27.07 
 
 
182 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.73 
 
 
199 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 
204 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
223 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 
208 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
182 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
211 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.19 
 
 
182 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
211 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.19 
 
 
182 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 
208 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 
208 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 
182 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 
187 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  30.61 
 
 
192 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  31.15 
 
 
199 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  27.62 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>