More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1027 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  456  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  92.79 
 
 		 227 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  40.66 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  108  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 205 aa  105  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  36.26 
 
 		 202 aa  92.8  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 184 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 189 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 		 192 aa  85.5  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.24 
 
 		 199 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  32.42 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  27.87 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  33.99 
 
 		 201 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  28.42 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 432 aa  82  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  28.42 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  28.42 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  27.87 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 193 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 191 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  27.87 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  29.57 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  29.57 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 186 aa  78.6  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 181 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04340  predicted transcriptional regulator  32.54 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  31.69 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  27.06 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0791  transcriptional regulator, XRE family  24.55 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.49267e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  33.16 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  29.56 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  26.23 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 181 aa  71.2  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  30.17 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.89 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  25.29 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  25.29 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>