More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0842 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 188 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  82.16 
 
 		 187 aa  314  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  81.72 
 
 		 187 aa  313  8e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  58.89 
 
 		 286 aa  218  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 281 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  56.98 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  56.98 
 
 		 259 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  56.98 
 
 		 259 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 271 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  56.98 
 
 		 269 aa  209  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 249 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 242 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 247 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 247 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 247 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 247 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  53.33 
 
 		 247 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 205 aa  106  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 204 aa  104  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 		 191 aa  101  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 190 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.77 
 
 		 190 aa  99  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 193 aa  99  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 191 aa  98.6  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 236 aa  97.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 191 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 192 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 192 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 192 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 236 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 193 aa  95.9  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.05 
 
 		 180 aa  95.1  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 192 aa  92.8  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 201 aa  86.3  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 197 aa  85.9  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 225 aa  85.1  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  32.96 
 
 		 181 aa  84.7  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 292 aa  82  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 292 aa  81.6  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 199 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.4 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 200 aa  80.9  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  29.07 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  33.14 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  34.68 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.79 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  34.5 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  31.79 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  28.89 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  31.38 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  25.82 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>