More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2714 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  66.83 
 
 		 205 aa  285  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 191 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 201 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 191 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 191 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 191 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 189 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 193 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  35.33 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 192 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 192 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 193 aa  121  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 236 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  35.84 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 286 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 271 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 191 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 269 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 259 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 281 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.95 
 
 		 180 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 181 aa  104  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.49 
 
 		 188 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  32.96 
 
 		 249 aa  103  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 187 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 187 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 184 aa  101  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 178 aa  99.8  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 234 aa  98.2  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 182 aa  97.1  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  35 
 
 		 197 aa  96.7  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  33.54 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.22 
 
 		 192 aa  96.3  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 188 aa  95.9  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  28.81 
 
 		 182 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  28.81 
 
 		 182 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  28.81 
 
 		 182 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 182 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  28.81 
 
 		 182 aa  93.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 292 aa  92.4  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 		 199 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.43 
 
 		 175 aa  92  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 201 aa  92.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.36 
 
 		 189 aa  91.3  9e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 186 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 		 199 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  89.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 180 aa  89  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.55 
 
 		 196 aa  87.8  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 201 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 180 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 180 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 188 aa  85.5  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 199 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 188 aa  85.1  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 197 aa  84.7  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>