More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1721 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
201 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 
204 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
191 aa  122  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
205 aa  121  9e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
191 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
191 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
191 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 
189 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  34.44 
 
 
191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 
191 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  35.2 
 
 
179 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 
193 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
190 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
190 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  34.64 
 
 
236 aa  105  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  34.64 
 
 
236 aa  104  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
192 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
192 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 
193 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 
192 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 
192 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 
192 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 
281 aa  99.8  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.89 
 
 
180 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
269 aa  98.6  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 
286 aa  97.1  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
271 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 
259 aa  91.3  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 
259 aa  91.3  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 
259 aa  91.3  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  34.12 
 
 
247 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  34.12 
 
 
247 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  34.12 
 
 
247 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  34.12 
 
 
242 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  34.12 
 
 
247 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  34.12 
 
 
247 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  33.53 
 
 
249 aa  87.8  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 
187 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 
187 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
201 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
276 aa  85.5  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.39 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.47 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  25.26 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 
211 aa  84  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  30.96 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 
202 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
179 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
292 aa  82  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  33.88 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  26.59 
 
 
193 aa  81.3  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  30.11 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.34 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  28.71 
 
 
201 aa  78.6  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 
198 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  27.78 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 
201 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 
188 aa  77.8  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  30.34 
 
 
269 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 
204 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
192 aa  77  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
199 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 
185 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 
192 aa  75.1  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
181 aa  75.1  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 
234 aa  74.7  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.69 
 
 
196 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  31.11 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  31.11 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
273 aa  74.3  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  28 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  31.11 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  26.11 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  27.55 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
178 aa  73.2  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 
184 aa  72.8  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
192 aa  72.4  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.47 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  30 
 
 
181 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 
212 aa  72  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30 
 
 
181 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>