More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1941 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 224 aa  278  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  68.14 
 
 		 217 aa  278  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  58.82 
 
 		 232 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  64.5 
 
 		 201 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  63.32 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  63.32 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  62.81 
 
 		 201 aa  249  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  58.95 
 
 		 227 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  52.7 
 
 		 227 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 219 aa  224  9e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  55.9 
 
 		 198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  57.14 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  58.29 
 
 		 234 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  53.44 
 
 		 215 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 213 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 220 aa  168  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 222 aa  165  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  44.81 
 
 		 187 aa  164  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  46.96 
 
 		 190 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 187 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  45.36 
 
 		 190 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  47.93 
 
 		 173 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  44.81 
 
 		 190 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 182 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  46.52 
 
 		 233 aa  155  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  48.17 
 
 		 173 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 173 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 209 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  46.95 
 
 		 173 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  48.17 
 
 		 173 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.13 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  44.02 
 
 		 212 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  42.46 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 196 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.05 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  99.8  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 187 aa  98.6  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 204 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  94.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 199 aa  92.8  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 199 aa  93.2  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 187 aa  92  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 187 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 181 aa  89  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 187 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.01 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 281 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  31.09 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.53 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  34.94 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 189 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  28.34 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.49 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.49 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  28.73 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.49 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.49 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>