More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2821 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  98.49 
 
 		 199 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  97.49 
 
 		 199 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  81.41 
 
 		 199 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  80.9 
 
 		 199 aa  337  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 201 aa  168  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 184 aa  126  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 179 aa  122  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 178 aa  122  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 181 aa  118  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 182 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 184 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  111  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 		 180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  35.16 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 170 aa  109  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 170 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 211 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 211 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 192 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 192 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 189 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 193 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  36.61 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  34.36 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  34.07 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 191 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 292 aa  105  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 182 aa  105  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  35.52 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 191 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 184 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 191 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 191 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 182 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 182 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.81 
 
 		 188 aa  103  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.97 
 
 		 199 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  30.17 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 182 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 183 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.49 
 
 		 182 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 182 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.49 
 
 		 182 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 182 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 182 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  101  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 182 aa  101  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  31.49 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 200 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 201 aa  99.4  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 204 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 208 aa  99  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 204 aa  99  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 229 aa  99  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 208 aa  99  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 208 aa  99  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 184 aa  99  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 185 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  34.24 
 
 		 182 aa  96.3  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 205 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 185 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 182 aa  96.3  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 184 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 185 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  31.82 
 
 		 184 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 185 aa  95.5  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  95.1  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>