More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2094 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  100 
 
 		 188 aa  388  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  80.66 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  80.11 
 
 		 181 aa  313  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  77.9 
 
 		 181 aa  304  5.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  71.18 
 
 		 170 aa  271  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  71.18 
 
 		 170 aa  271  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 176 aa  184  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  47.13 
 
 		 188 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 179 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 179 aa  171  5e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  46.93 
 
 		 179 aa  166  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  42.78 
 
 		 180 aa  164  5e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  45.25 
 
 		 179 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 175 aa  160  1e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  45.25 
 
 		 179 aa  158  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 178 aa  140  8e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  41.38 
 
 		 178 aa  130  7.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 179 aa  114  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  32.24 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 203 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.24 
 
 		 199 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 292 aa  98.6  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  32.07 
 
 		 180 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 208 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 208 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 208 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.73 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 182 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 191 aa  94  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  31.35 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 182 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 182 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  92.4  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 204 aa  91.7  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 181 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 229 aa  91.3  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  91.3  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  28.42 
 
 		 185 aa  90.5  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  31.49 
 
 		 271 aa  90.1  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 269 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 292 aa  89.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 183 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  28.8 
 
 		 182 aa  88.6  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 276 aa  89  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 183 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 		 188 aa  88.6  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 184 aa  88.2  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 191 aa  87.8  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  28.65 
 
 		 185 aa  88.2  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 191 aa  87.8  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 191 aa  87.8  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  34.59 
 
 		 269 aa  87.8  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 187 aa  87.8  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  31.32 
 
 		 182 aa  87.8  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 		 182 aa  87.8  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  87  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  30.39 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>