More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3329 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  406  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 234 aa  188  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.95 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 292 aa  100  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 199 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 199 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 199 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 199 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 182 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 186 aa  95.9  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.56 
 
 		 199 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 204 aa  94.4  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 183 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 204 aa  92.4  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 229 aa  92.4  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 182 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 		 182 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 182 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  30.41 
 
 		 271 aa  92  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 276 aa  91.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 201 aa  92  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 182 aa  91.7  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 183 aa  91.3  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 182 aa  91.3  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  32.81 
 
 		 202 aa  91.3  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.22 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.31 
 
 		 175 aa  90.5  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 		 184 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 205 aa  89.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  90.5  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 184 aa  89.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  89.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  89  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 181 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 182 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  32.16 
 
 		 269 aa  88.2  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 182 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.96 
 
 		 188 aa  87.8  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 182 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 176 aa  87.8  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 227 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  30.35 
 
 		 269 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 180 aa  86.3  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  32.58 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  30.51 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 179 aa  85.9  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  86.3  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 179 aa  85.9  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.51 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.51 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 181 aa  85.1  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 181 aa  84.7  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 193 aa  85.1  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  84.7  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 193 aa  84.7  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 199 aa  84.7  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  29.38 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  29.38 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  26.55 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 195 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 190 aa  81.6  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 211 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 211 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.03 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.03 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>