More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1456 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  389  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  49.18 
 
 		 188 aa  177  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 211 aa  96.3  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 204 aa  95.9  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 229 aa  95.9  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  94.7  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 		 182 aa  94.4  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 189 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 191 aa  90.9  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 190 aa  90.5  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 191 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 205 aa  89.7  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 236 aa  88.2  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 181 aa  87.8  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 180 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 236 aa  87  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  23.86 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 207 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 205 aa  84.7  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 183 aa  84.7  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  84.3  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  29.14 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 181 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  31.02 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  27.01 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 197 aa  79  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  27.17 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  26.63 
 
 		 170 aa  77  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  26.63 
 
 		 170 aa  77  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 178 aa  77.4  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  30.43 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  25.7 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  30.77 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  30.77 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  24.74 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>