More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1159 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 182 aa  357  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 180 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 180 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  62.15 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  62.15 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 180 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 180 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  61.58 
 
 		 187 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  61.58 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  61.58 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  61.58 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  61.58 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  60 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 180 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 180 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  56.18 
 
 		 180 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  53.67 
 
 		 179 aa  175  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  53.93 
 
 		 180 aa  174  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  53.67 
 
 		 179 aa  174  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 180 aa  147  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 201 aa  99.4  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 197 aa  97.4  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 178 aa  97.4  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  32.18 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 196 aa  95.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.44 
 
 		 189 aa  91.7  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 192 aa  91.3  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 		 192 aa  88.2  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 211 aa  87.8  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 198 aa  85.9  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 201 aa  85.5  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 201 aa  85.1  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 192 aa  84.7  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 199 aa  84.7  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  30.9 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  35 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.18 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  35.71 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.11 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.51 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  36.16 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  35 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  34.97 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  31.84 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  34.95 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  33.74 
 
 		 173 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.9 
 
 		 180 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  32.77 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>