More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8701 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 200 aa  392  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  67.93 
 
 		 219 aa  244  6.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  72.83 
 
 		 194 aa  241  5e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  68.89 
 
 		 201 aa  240  7.999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  66.3 
 
 		 202 aa  239  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  67.76 
 
 		 215 aa  239  2e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  68.33 
 
 		 197 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  67.96 
 
 		 200 aa  235  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  66.85 
 
 		 201 aa  231  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 196 aa  230  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  62.5 
 
 		 198 aa  228  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1719  transcriptional regulator, XRE family  66.48 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.017651  normal  0.124941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  64.86 
 
 		 192 aa  226  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  63.93 
 
 		 194 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  63.93 
 
 		 195 aa  222  3e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 191 aa  209  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1965  XRE family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 194 aa  209  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0249499  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  65.38 
 
 		 195 aa  207  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  56.59 
 
 		 199 aa  207  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  58.56 
 
 		 192 aa  206  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  55.91 
 
 		 191 aa  205  4e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  57.84 
 
 		 223 aa  204  9e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  58.01 
 
 		 197 aa  202  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  56.59 
 
 		 197 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  55.31 
 
 		 191 aa  193  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2592  transcriptional regulator, XRE family  61.75 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  56.76 
 
 		 198 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1667  XRE family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  53.59 
 
 		 190 aa  181  8.000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1711  transcriptional regulator, XRE family  59.89 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.63161  normal  0.919847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 193 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 193 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 193 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2365  transcriptional regulator, XRE family  52.23 
 
 		 193 aa  144  8.000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.977725  normal  0.0272358 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2893  XRE family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 169 aa  136  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 195 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4050  transcriptional regulator, XRE family  47.56 
 
 		 192 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2586  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.45 
 
 		 126 aa  114  8.999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000628471  hitchhiker  0.000111842 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  45.4 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  39.44 
 
 		 196 aa  111  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  41.08 
 
 		 194 aa  105  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  40.22 
 
 		 190 aa  104  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 193 aa  101  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2440  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 		 220 aa  92.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.086441  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  37.64 
 
 		 188 aa  92  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 198 aa  91.3  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  37.78 
 
 		 186 aa  78.6  0.00000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.16 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.96 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.71 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 215 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 227 aa  71.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  25.97 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.03 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  33.52 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  29.71 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 180 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  29.71 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  25.7 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  32.7 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  23.67 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 201 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>