More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1170 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 196 aa  391  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  52.22 
 
 		 190 aa  176  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  52.17 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  53.4 
 
 		 194 aa  169  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  49.2 
 
 		 193 aa  166  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  43.01 
 
 		 198 aa  145  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 197 aa  130  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 195 aa  125  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 196 aa  120  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  39.66 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4050  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  38.27 
 
 		 201 aa  118  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2893  XRE family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  39.11 
 
 		 192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 191 aa  115  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 219 aa  112  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 200 aa  111  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 201 aa  111  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  41.81 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  38.25 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 		 194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1965  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0249499  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1719  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 204 aa  108  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.017651  normal  0.124941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 		 198 aa  105  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 192 aa  104  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2592  transcriptional regulator, XRE family  42.7 
 
 		 210 aa  100  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1667  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1711  transcriptional regulator, XRE family  42.24 
 
 		 200 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.63161  normal  0.919847 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  39.46 
 
 		 195 aa  99.8  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  36.46 
 
 		 194 aa  98.6  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2365  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 		 193 aa  97.8  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.977725  normal  0.0272358 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  37.57 
 
 		 190 aa  91.7  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2586  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.05 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000628471  hitchhiker  0.000111842 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.05 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  28.14 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 184 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 190 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  26.92 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28.48 
 
 		 190 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  26.42 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  26.9 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.11 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.11 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.11 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  29.55 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  28.99 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 184 aa  62  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>