More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4448 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  48.47 
 
 		 201 aa  194  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 187 aa  111  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 204 aa  110  9e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 187 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 187 aa  109  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 187 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 191 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 191 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 191 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  33.88 
 
 		 188 aa  98.6  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 196 aa  97.4  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 191 aa  95.9  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 196 aa  95.1  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 198 aa  95.5  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.1 
 
 		 189 aa  94  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 193 aa  93.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 192 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 189 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 192 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 191 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 185 aa  92  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 209 aa  90.5  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 190 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 199 aa  90.5  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 236 aa  89.4  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.9 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.9 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.9 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.75 
 
 		 185 aa  89  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.12 
 
 		 236 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 190 aa  88.6  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 199 aa  88.6  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 199 aa  88.6  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 		 192 aa  88.6  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 185 aa  87.8  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 201 aa  87.8  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 180 aa  87  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  28.32 
 
 		 185 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.75 
 
 		 185 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 212 aa  85.5  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  28.79 
 
 		 224 aa  85.5  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 180 aa  85.1  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 180 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 180 aa  84.7  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 180 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 180 aa  84.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 201 aa  84  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.37 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  33.15 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.93 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  34.46 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  35.5 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  31.21 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  29.55 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>