More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1453 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
171 aa  335  1.9999999999999998e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  46.99 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 
189 aa  126  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  41.62 
 
 
189 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  37.79 
 
 
178 aa  101  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 
201 aa  93.2  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
188 aa  92.8  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  33.94 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  34.36 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  33.94 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  33.94 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  30.91 
 
 
652 aa  84  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 
207 aa  84  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 
200 aa  82.4  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  30.43 
 
 
642 aa  82  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  31.61 
 
 
258 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 
528 aa  80.5  0.000000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  28.83 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  30.43 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 
192 aa  78.6  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  34.81 
 
 
215 aa  78.6  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  30.43 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  30.17 
 
 
212 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  33.14 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 
210 aa  74.3  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 
176 aa  73.9  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 
203 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  29.38 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  26.29 
 
 
181 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 
192 aa  72  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  28.81 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  31.61 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 
105 aa  71.6  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 
197 aa  71.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  30.51 
 
 
184 aa  71.6  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
203 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
203 aa  70.9  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
203 aa  70.9  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 
203 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 
184 aa  69.7  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 
516 aa  69.3  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.52 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  27.22 
 
 
208 aa  68.6  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  28.66 
 
 
192 aa  68.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 
224 aa  67.8  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 
203 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  30.54 
 
 
182 aa  67.4  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  35.29 
 
 
204 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  50.67 
 
 
195 aa  65.5  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  26.35 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 
259 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  29.25 
 
 
214 aa  64.7  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
218 aa  65.1  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  26.35 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 
186 aa  64.3  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 
207 aa  63.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  26.54 
 
 
190 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  31.74 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  26.35 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 
191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 
203 aa  62.8  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 
182 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
207 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62.8  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
181 aa  62.4  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
181 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62.8  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
204 aa  62.4  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  27.95 
 
 
188 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  40.28 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 
193 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  28.99 
 
 
196 aa  62.4  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>