More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2484 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  380  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 191 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 191 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 188 aa  159  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 191 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 191 aa  157  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  46.63 
 
 		 191 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 191 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 191 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 186 aa  147  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  47.2 
 
 		 178 aa  147  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 178 aa  145  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 187 aa  145  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  45.28 
 
 		 178 aa  144  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  45.25 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  47.85 
 
 		 191 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  42.29 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 178 aa  137  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 178 aa  137  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 185 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 185 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 175 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 178 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  44.57 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  40.56 
 
 		 185 aa  131  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 188 aa  122  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 224 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 185 aa  108  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  35.23 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  35.23 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  35.23 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  37.21 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  36.78 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  35.43 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 207 aa  104  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  37.27 
 
 		 260 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  37.27 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  37.27 
 
 		 192 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  37.74 
 
 		 248 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 259 aa  99  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  36.94 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 215 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  35.75 
 
 		 212 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 182 aa  94  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 209 aa  92.8  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 182 aa  92.4  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  33.13 
 
 		 190 aa  92  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 200 aa  91.7  5e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  32.53 
 
 		 190 aa  91.7  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 193 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  35.85 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 182 aa  88.6  4e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  31.06 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  31.82 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  32.52 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 186 aa  75.9  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  31.87 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  32 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  27.75 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.73 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>