More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4032 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 187 aa  366  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  44.77 
 
 		 182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 189 aa  107  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  35.91 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 201 aa  96.3  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 258 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 189 aa  86.7  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  34.08 
 
 		 210 aa  85.1  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  37.21 
 
 		 182 aa  84.7  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  33.12 
 
 		 652 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  34.71 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  29.41 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 642 aa  78.2  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 		 212 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 528 aa  77.8  0.00000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  32.52 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  25.28 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  30.11 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 186 aa  74.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.02 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.5 
 
 		 178 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  31.11 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 184 aa  71.2  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  29.21 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  26.88 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  33.66 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  26.25 
 
 		 178 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  28.41 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  27 
 
 		 196 aa  67.8  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  25.43 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 203 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 516 aa  67.8  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  31.95 
 
 		 214 aa  67  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.25 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 175 aa  65.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>