More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2330 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 203 aa  409  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  86.29 
 
 		 175 aa  307  9e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 188 aa  97.8  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 642 aa  97.1  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 		 184 aa  96.3  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 189 aa  95.9  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  35.67 
 
 		 183 aa  93.6  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  32.61 
 
 		 652 aa  92.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  33.52 
 
 		 184 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  34.73 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.17 
 
 		 207 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 258 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 207 aa  88.2  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 178 aa  85.1  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 182 aa  84.3  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  33.92 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 186 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  33.33 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  27.84 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.12 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  25.28 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 185 aa  79  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  32.08 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 528 aa  76.3  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  34.73 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  25.84 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  27.44 
 
 		 190 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  27.44 
 
 		 190 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  26.63 
 
 		 190 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  32.8 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  31.61 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 516 aa  71.6  0.000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  34.9 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.99 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.95 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 178 aa  68.9  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  28.99 
 
 		 178 aa  68.6  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 215 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  27.53 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 182 aa  67.8  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 248 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  29.38 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  27.01 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>