More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4875 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 
214 aa  433  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  67.74 
 
 
207 aa  264  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  67.2 
 
 
259 aa  254  9e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  62.43 
 
 
224 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  59.14 
 
 
260 aa  211  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  59.68 
 
 
192 aa  210  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  59.14 
 
 
192 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  55.25 
 
 
215 aa  191  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  55.49 
 
 
193 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  53.44 
 
 
248 aa  182  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  51.38 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  43.72 
 
 
206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  43.9 
 
 
229 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 
229 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  45.9 
 
 
219 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  46.37 
 
 
229 aa  138  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  46.99 
 
 
233 aa  138  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  45.56 
 
 
222 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 
227 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  35.52 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  34.97 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  35.52 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  35.52 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  37.5 
 
 
185 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  34.97 
 
 
185 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
185 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 
191 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  35.5 
 
 
185 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
191 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 
191 aa  118  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  35.5 
 
 
185 aa  118  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 
188 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  37.64 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  36.45 
 
 
212 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 
204 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 
187 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 
196 aa  105  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  35.51 
 
 
203 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  35.51 
 
 
203 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  37.04 
 
 
202 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  37.04 
 
 
202 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  37.04 
 
 
202 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
208 aa  104  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  33.52 
 
 
191 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
183 aa  103  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  34.97 
 
 
178 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  36.68 
 
 
202 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  36.68 
 
 
202 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  36.68 
 
 
202 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  36.68 
 
 
202 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 
182 aa  103  2e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  38.04 
 
 
202 aa  102  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  34.46 
 
 
208 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  34.36 
 
 
178 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  32.24 
 
 
185 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  34.07 
 
 
182 aa  100  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 
203 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 
203 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  33.74 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 
203 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
203 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  33.52 
 
 
182 aa  99.8  3e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
203 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 
187 aa  99.4  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 
188 aa  99  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 
178 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  34.36 
 
 
185 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
175 aa  97.1  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  30.34 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  33.51 
 
 
175 aa  96.7  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  30.98 
 
 
184 aa  97.1  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 
185 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  34.36 
 
 
178 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
209 aa  95.9  4e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  32.43 
 
 
181 aa  95.5  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 
178 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 
183 aa  94.7  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 
182 aa  94  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
186 aa  94.4  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>