More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2607 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
227 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  98.68 
 
 
227 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  96.02 
 
 
228 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  96.02 
 
 
228 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  96.02 
 
 
228 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  96.38 
 
 
233 aa  420  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  91.15 
 
 
227 aa  408  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  87.73 
 
 
219 aa  368  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  84.62 
 
 
222 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  84.62 
 
 
222 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  84.62 
 
 
222 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  82.22 
 
 
229 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  84.09 
 
 
222 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  84.09 
 
 
222 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  84.09 
 
 
222 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  84.09 
 
 
222 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  81.82 
 
 
229 aa  351  7e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  79.13 
 
 
229 aa  349  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  53.54 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  59.24 
 
 
193 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  57.07 
 
 
215 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  48.02 
 
 
260 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  48.02 
 
 
192 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
224 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  47.46 
 
 
192 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  44.81 
 
 
207 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  39.9 
 
 
259 aa  134  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  47.27 
 
 
214 aa  128  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  45.6 
 
 
248 aa  126  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  30.94 
 
 
184 aa  88.6  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
208 aa  88.6  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
203 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
203 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 
203 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
203 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
203 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
203 aa  85.1  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
203 aa  84.7  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  30.9 
 
 
212 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  28.81 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.45 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  32.45 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.81 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.81 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.81 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  27.84 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.84 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 
185 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 
191 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 
188 aa  82  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
183 aa  81.6  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  28.25 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  28.41 
 
 
185 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  33.54 
 
 
181 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
204 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 
188 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  31.91 
 
 
200 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
191 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  29.1 
 
 
191 aa  79  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  29.84 
 
 
188 aa  79  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  31.91 
 
 
200 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 
182 aa  77.8  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
186 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  30.05 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  33.92 
 
 
206 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  30.05 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  30.05 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  30.05 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  28.98 
 
 
202 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  28.98 
 
 
202 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  28.98 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  31.38 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  28.98 
 
 
202 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.03 
 
 
203 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  29.55 
 
 
208 aa  75.9  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  31.09 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  31.09 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
204 aa  75.1  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.65 
 
 
196 aa  74.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  29.14 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  28.49 
 
 
200 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
197 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 
209 aa  73.2  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  29.48 
 
 
183 aa  73.6  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  33.15 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
185 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  28.9 
 
 
183 aa  72  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 
182 aa  72  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
178 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  29.65 
 
 
178 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  26.29 
 
 
185 aa  71.2  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 
198 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>