More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2075 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 
196 aa  404  1.0000000000000001e-112  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 
203 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.94 
 
 
203 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  39.6 
 
 
203 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 
212 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 
203 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 
203 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 
203 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
203 aa  131  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 
203 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  39.79 
 
 
202 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  39.79 
 
 
202 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  38.97 
 
 
204 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  39.79 
 
 
202 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  39.11 
 
 
204 aa  128  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  41.38 
 
 
202 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  40.8 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  40.8 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  40.8 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  40.8 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 
224 aa  127  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 
198 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 
198 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  40.46 
 
 
182 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.42 
 
 
198 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 
197 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  35.91 
 
 
192 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 
260 aa  114  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 
192 aa  114  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 
207 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 
193 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
192 aa  104  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 
183 aa  103  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 
206 aa  102  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 
205 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 
259 aa  99.8  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 
205 aa  97.8  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 
200 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 
200 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 
209 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.77 
 
 
200 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  31.4 
 
 
185 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.41 
 
 
248 aa  96.7  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 
209 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  30.23 
 
 
185 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
182 aa  96.3  3e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 
200 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  37.2 
 
 
214 aa  96.3  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  32.64 
 
 
203 aa  95.9  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
185 aa  96.3  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.77 
 
 
200 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  30.23 
 
 
185 aa  95.1  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  30.23 
 
 
185 aa  94.7  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  30.23 
 
 
185 aa  94.7  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  30.23 
 
 
185 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
209 aa  94.4  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  29.65 
 
 
185 aa  94  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  31.15 
 
 
215 aa  94  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
187 aa  93.2  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  29.07 
 
 
185 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 
206 aa  92  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 
182 aa  92.4  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  33.33 
 
 
236 aa  92  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  28.72 
 
 
205 aa  91.7  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  28.72 
 
 
205 aa  91.7  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  27.04 
 
 
200 aa  91.7  6e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  28.35 
 
 
207 aa  91.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
218 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  33.33 
 
 
236 aa  91.3  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  28.65 
 
 
182 aa  90.9  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 
193 aa  88.2  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 
192 aa  87  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
208 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  29.48 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 
203 aa  86.3  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 
187 aa  84.7  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 
187 aa  84.3  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  28.96 
 
 
212 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 
178 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
185 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 
185 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.9 
 
 
178 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>