More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1787 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
200 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  99 
 
 
200 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  98.5 
 
 
200 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  98.5 
 
 
200 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  98 
 
 
200 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  63 
 
 
200 aa  263  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  61.5 
 
 
205 aa  259  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  61.5 
 
 
205 aa  259  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  53 
 
 
207 aa  201  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
192 aa  152  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 
187 aa  152  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  36.57 
 
 
198 aa  128  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 
201 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 
195 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 
196 aa  96.3  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  37.36 
 
 
216 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  30.91 
 
 
181 aa  87.8  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
181 aa  86.3  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  28.57 
 
 
215 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  30.94 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 
198 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  29.03 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 
198 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
190 aa  82.8  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 
187 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  32.1 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
184 aa  81.6  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
260 aa  81.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.07 
 
 
189 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 
203 aa  79.7  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 
177 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
212 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 
204 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
183 aa  79.3  0.00000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  32.37 
 
 
219 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  26.19 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.1 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  28.07 
 
 
182 aa  75.9  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  26.5 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  26.5 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  32.37 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  30.16 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
204 aa  75.5  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  32.39 
 
 
177 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
185 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 
208 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  26.52 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 
197 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 
259 aa  74.7  0.0000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
187 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.09 
 
 
236 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 
227 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  29.94 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
219 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 
227 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 
229 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.7 
 
 
185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.7 
 
 
185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  33.53 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.7 
 
 
185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
191 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.7 
 
 
185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  26.14 
 
 
185 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.99 
 
 
185 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 
191 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>