More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4773 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
187 aa  379  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 
181 aa  97.8  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  29.24 
 
 
181 aa  97.8  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  28.57 
 
 
179 aa  92.8  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 
183 aa  87.8  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 
185 aa  87  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.99 
 
 
185 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  27.57 
 
 
196 aa  84.3  9e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  29.14 
 
 
178 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 
192 aa  83.6  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  24.72 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  36.31 
 
 
192 aa  82  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.38 
 
 
185 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.38 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.38 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.38 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.38 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  26.38 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
183 aa  81.3  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.41 
 
 
178 aa  79.7  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
203 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 
196 aa  79.7  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.77 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
187 aa  79.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  26.86 
 
 
178 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 
193 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  26.86 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  35 
 
 
258 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  34.13 
 
 
187 aa  77.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
203 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  26.86 
 
 
185 aa  77.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 
175 aa  77.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 
191 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  30.46 
 
 
248 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
191 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
203 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 
185 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
204 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  27.61 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
208 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  28.33 
 
 
198 aa  75.9  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  32.57 
 
 
190 aa  75.5  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  27.27 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  23.49 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  24.1 
 
 
209 aa  74.7  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  26.7 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  27.27 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.29 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  29.89 
 
 
219 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  30.56 
 
 
195 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  30.56 
 
 
195 aa  72  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  30.56 
 
 
195 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  30.56 
 
 
195 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  30.11 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  30.56 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  30.98 
 
 
206 aa  71.2  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  23.84 
 
 
182 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>