More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3286 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  100 
 
 		 179 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  74.3 
 
 		 181 aa  277  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  73.18 
 
 		 181 aa  276  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 183 aa  112  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 187 aa  92.8  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  25.29 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 		 209 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 185 aa  77.8  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  24.22 
 
 		 185 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 185 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  27.44 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  23.6 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  26.4 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  25.84 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  25.84 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  25.84 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  26.63 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  24.22 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  26.63 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  25.45 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  22.98 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  25.28 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  25.28 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  25.28 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  25.28 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  25.88 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  26.51 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  25.31 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  24.28 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  23.86 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  24.31 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  24.86 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  28.48 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  21.84 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  21.26 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  25 
 
 		 215 aa  62  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.6 
 
 		 203 aa  62  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 216 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 259 aa  61.2  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  29.83 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  27.06 
 
 		 195 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  29.83 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  26.63 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  26.63 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  22.5 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  23.43 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  24.46 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  22.84 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>